Após efetuar a prisão do indivíduo, ocorre a apresentação do preso à autoridade competente. Nesta oportunidade, o condutor prestará depoimento, recebendo cópia do termo e recibo de entrega do preso. Em seguida, a autoridade policial ouvirá as testemunhas que acompanharam o ato (chamadas de testemunhas numerárias) e procederá o interrogatório do acusado. Ao final, o auto de prisão em flagrante será lavrado com a assinatura de todos
Na ausência de testemunhas numerárias, o auto será lavrado com assinatura de duas testemunhas instrumentais (ou indiretas), que são as que presenciaram somente a apresentação do preso à autoridade.
Apesar de não haver previsão legal de oitiva da vítima, é comum que ela ocorra logo após o depoimento do condutor e das testemunhas e antes do interrogatório do preso, já que os crimes de ação pública penal condicionada e ação penal privada dependem de manifestação da vontade de processar o autor para que o flagrante seja lavrado.
Superada essa etapa, se a autoridade policial reconhecer fundada suspeita contra o conduzido, mandará recolhê-lo à prisão. Se não, lavrará o auto e colocará o indivíduo em liberdade. Também ocorre a liberação do conduzido (com auto lavrado) caso haja pagamento de fiança.
Caso o conduzido se recuse a assinar o auto de prisão, duas testemunhas assinarão, verificando esta recusa. Já em ausência ou impedimento do escrivão, qualquer pessoa (escrivão ad hoc – art. 305, CPP) pode ser designada pela autoridade para lavrar o auto, depois de prestar compromisso legal.
Além disso, no ato da lavratura, a autoridade policial deverá questionar o conduzido sobre a existência de filhos, conforme previsto no §4º:
§ 4o Da lavratura do auto de prisão em flagrante deverá constar a informação sobre a existência de filhos, respectivas idades e se possuem alguma deficiência e o nome e o contato de eventual responsável pelos cuidados dos filhos, indicado pela pessoa presa.
Conforme disposto no artigo 309, do CPP:
Art. 309. Se o réu se livrar solto, deverá ser posto em liberdade, depois de lavrado o auto de prisão em flagrante.
Para a maior parte da doutrina, se a autoridade policial verificar prisão ilegal pelo condutor, ela poderá relaxar o flagrante depois do momento da lavratura. A doutrina mais moderna, defende ainda que nestes casos pode-se verificar excludente de ilicitude ou de culpabilidade.
Existem algumas regras especiais quanto à prisão em flagrante, concernentes às pessoas que ora não podem ser presas em flagrante, ora devem ter procedimentos diferenciados caso sejam presas. São elas:
Quando o fato for praticado em presença de uma autoridade ou contra ela, no exercício de suas funções, esta autoridade será responsável pela lavratura do auto. Constarão do auto a narração do fato, a voz de prisão, as declarações que fizer o preso e os depoimentos das testemunhas. Tudo deve ser assinado pela autoridade, pelo preso e pelas testemunhas e remetido imediatamente ao juiz a quem couber tomar conhecimento do fato delituoso (se não for a autoridade que houver presidido o auto - art. 307, CPP).
Não havendo autoridade policial no local em que foi efetuado a prisão, o preso será logo apresentado à do lugar mais próximo (art. 308, CPP).