Tendo em vista que, ao final da audiência de custódia, o magistrado deve tomar uma decisão, surge a dúvida sobre a possibilidade de recurso. Não há previsão específica sobre isso, porém, é possível analisar com base em alguns dispositivos do CPP.
As decisões que o juiz pode tomar estão abarcadas por completo pelas hipóteses de interposição de Recurso em Sentido Estrito (RESE), mais especificamento no art. 581, V, CPP:
Art. 581. Caberá recurso, no sentido estrito, da decisão, despacho ou sentença:
V - que conceder, negar, arbitrar, cassar ou julgar inidônea a fiança, indeferir requerimento de prisão preventiva ou revogá-la, conceder liberdade provisória ou relaxar a prisão em flagrante;
Sendo assim, RESE é o recurso adequado para contestar decisões proferidas pelo juiz ao final da audiência de custódia. Isso inclui a conversão da prisão em flagrante em preventiva, ainda que não esteja expressamente elencado no artigo citado.
É comum o uso de HC para acelerar os procedimentos, visto que é algo que pode ser concedido de ofício pelo juiz e também possui prioridade de tramitação nos tribunais. Temos um caso que demonstra bem essa aplicação, gerando uma divergência de opiniões (Caso de Xapuri no Acre):
Isso gera certa polêmica no campo doutrinário porque, apesar da eficiência do processo ser um valor constitucional, os demais direitos fundamentais envolvidos também devem ser resguardados. Assim, entende-se que um tempo razoável para a elaboração das peças, coleta de informações e provas, além de testemunhas é benéfico para o processo, porque ajuda a chegar numa decisão justa, mais próxima da realidade.
Apesar da polêmica, o processo citado não teve nenhuma ilegalidade, visto que todos os atos foram exercidos por vontade das partes e respeitando os direitos dos envolvidos. O que deve ser evitado é a determinação, por parte do juiz, de apresentação de acusação e defesa já na audiência de custódia.